Tầm nhìn: Viện Mekong hướng tới thúc đẩy các nỗ lực toàn cầu về phát triển bền vững và tăng cường khả năng phục hồi cho các vùng châu thổ và lưu vực sông thông qua bốn trụ cột chiến lược: LEAD – Nâng cao tri thức (Learning), Gắn kết đa bên (Excellence), Ứng dụng tiến bộ khoa học – công nghệ (Advancement) và Hỗ trợ phát triển bao trùm, lâu dài (Development).

Sứ mệnh: Viện Mekong thúc đẩy phát triển bền vững và tăng cường khả năng phục hồi cho các vùng đồng bằng và lưu vực sông thông qua bốn trụ cột chiến lược RISE: Nghiên cứu liên ngành (Research), Tích hợp tri thức khoa học và tri thức bản địa (Integrate), Hỗ trợ đổi mới kỹ thuật và chính sách (Support), và Tham gia cùng các bên liên quan trong hành động hợp tác đa cấp (Engage).